Vuoden 1939 konklaavi eli paavin valitseva kardinaalien kokous pidettiin 1. maaliskuuta – 2. maaliskuuta 1939. Konklaavi valitsi seuraajan samana vuonna menehtyneelle paavi Pius XI:lle. Konklaavin voitti lopulta italialainen Eugenio Pacelli, joka otti paavilliseksi nimekseen Pius XII:n. Hän täytti paaviksi tulemisen päivänä 63 vuotta.
Vuonna 1939 konklaavissa valittiin paavia selvästi puhkeavaa sotaa varten. Pacelli oli juristin ja hallintomiehen uran omaavana kuurian kokenein diplomaatti, vaikka hänellä ei ollut kokemusta hiippakunnan tai seurakunnan johtajana. Hänet valittiin paaviksi kolmannessa äänestyksessä 2. maaliskuuta saaden 48 ääntä 62:sta. Neljäntoista muun kuuriakardinaalin mielestä Pacelli oli liian ujo, pelokas ja päättämätön voidakseen toimia paavina.